平成25年度秋季地区大会は以下日程で行われます。
| 地区 | 開催県 | 期間 | 場所 | 参加校数 | 抽選日 |
|---|---|---|---|---|---|
| 北海道 | 10月7日から7日間 （11日は休養日） | 札幌市円山球場 ほか | 19校 | 9月26日 | |
| 東北 | 岩手 | 10月11日から5日間 | 岩手県営野球場 ほか | 18校 | 10月4日 |
| 関東 | 茨城 | 10月26日から5日間 | 水戸市民球場 ほか | 15校 （茨城3、他各県2） | 10月11日 |
| 東京 | 10月12、13、14、19、 20、26、27、11月9、10日 | 神宮球場 ほか | 48校 | 10月7日 | |
| 北信越 | 福井 | 10月12、13、19、20日 | 福井県営球場 ほか | 16校 （福井4、他各県3） | 10月4日 |
| 東海 | 愛知 | 10月19、20、26、27日 | 岡崎市民球場 ほか | 12校 | 10月8日 |
| 近畿 | 奈良 | 10月19、20、26、27日 11月2、4日 | 佐藤薬品スタジアム | 16校 （京都、和歌山2、他各府県3） | 10月15日 |
| 中国 | 岡山 | 10月25、26、27日 11月2、3日 | マスカットスタジアム ほか | 16校 （岡山4、他各県3） | 10月18日 |
| 四国 | 愛媛 | 10月19、20、26、27日 | 坊っちゃんスタジアム | 12校 | 10月15日 |
| 九州 | 沖縄 | 10月26日から6日間 （29日は休養日） | 沖縄セルラースタジアム那覇 ほか | 18校 （沖縄4、他各県2） | 10月17日 |