平成28年度秋季地区大会は以下日程で行われます。
| 地区 | 開催県 | 期間 | 場所 | 参加校数 | 抽選日 |
|---|---|---|---|---|---|
| 北海道 | 10月2日から8日間 （6日は休養日） | 札幌円山球場 ほか | 20校 | 9月23日 | |
| 東北 | 山形 | 10月14日から6日間 （17日は休養日） | 荘内銀行・日新製薬スタジアムやまがた球場 ほか | 18校 | 10月7日 |
| 関東 | 栃木 | 10月22、23、24、29、30日 | 宇都宮清原球場 ほか | 15校 （栃木3、他各県2） | 10月12日 |
| 東京 | 10月8、9、10、15、16 22、23、29、30、11月3日 | 神宮第二球場 ほか | 64校 | 10月3日 | |
| 北信越 | 長野 | 10月15、16、22、23日 | 松本市野球場 ほか | 16校 （長野4、他各県3） | 10月7日 |
| 東海 | 静岡 | 10月22、23、29、30日 | 草薙球場 ほか | 12校 | 10月11日 |
| 近畿 | 和歌山 | 10月22、23、29、30日 11月3、5日 | 紀三井寺公園野球場 | 16校 （滋賀、奈良2、他各府県3） | 10月18日 |
| 中国 | 山口 | 10月28、29、30日 11月5、6日 | ユーピーアールスタジアム ほか | 16校 （山口4、他各県3） | 10月21日 |
| 四国 | 愛媛 | 10月22、23、29、30日 | 坊っちゃんスタジアム | 12校 | 10月18日 |
| 九州 | 大分 | 10月22日から6日間 （25日は休養日） | 別大興産スタジアム ほか | 18校 （大分4、他各県2） | 10月13日 |