平成18年度春季地区大会は以下日程で行われます。
| 地区 | 開催県 | 期間 | 場所 | 参加校数 |
|---|---|---|---|---|
| 北海道 | 5月30日から6日間 | 札幌円山球場 | 14校 | |
| 東北 | 青森 | 6月9日から4日間 | 青森県総合運動公園野球場 ほか | 16校 （青森4、岩手・宮城各3、他県各2） |
| 関東 | 栃木 | 5月13日から5日間 | 宇都宮清原球場 ほか | 19校 （栃木4、神奈川3、他都県各2) |
| 北信越 | 福井 | 6月3日から4日間 | 福井県営球場 ほか | 12校 （福井4、他県各2） |
| 東海 | 愛知 | 5月19日から3日間 | 岡崎市民球場 ほか | 8校 （各県2） |
| 近畿 | 和歌山 | 5月27、28日、6月3、4日 | 県営紀三井寺球場 | 8校 （和歌山3、他府県各1） |
| 中国 | 鳥取 | 6月3日から3日間 | 米子市民球場 ほか | 8校 （鳥取4、他県各1） |
| 四国 | 高知 | 5月3日から3日間 | 春野球場 ほか | 8校 （各県2） |
| 九州 | 熊本 | 4月22日から6日間 | 藤崎台県営野球場 ほか | 18校 （熊本4、福岡3、鹿児島2、他県各1、選抜大会出場4校） |