硬式
8月21日、国民スポーツ大会選考委員会を開き、次の8校を出場校（硬式）として選考、また補欠校2校をそれぞれ選びました。
出場校
| 出場校 | 都道府県 |
|---|---|
| 仙台育英 | 宮城 |
| 山梨学院 | 山梨 |
| 日大三 | 東京 |
| 県岐阜商 | 岐阜 |
| 高川学園 | 山口 |
| 尽誠学園 | 香川 |
| 沖縄尚学 | 沖縄 |
| 綾 羽 | 滋賀・開催地 |
補欠校（数字は順位）
| 出場校 | 都道府県 |
|---|---|
| ①東洋大姫路 | 兵庫 |
| ②京都国際 | 京都 |
参 考
期 日：令和7年9月29日(月)から10月2日(木)まで4日間
（準決勝翌日の休養日含む）
場 所：大津市 マイネットスタジアム皇子山（皇子山総合運動公園野球場）
軟式
8月28日、国民スポーツ大会選考委員会を開き、次の8校を出場校（軟式）として選考、また補欠校2校をそれぞれ選びました。
出場校
| 出場校 | 都道府県 |
|---|---|
| 専大北上 | 岩手 |
| 早大学院 | 東京 |
| 松商学園 | 長野 |
| 中 京 | 岐阜 |
| あべの翔学 | 大阪 |
| 広 陵 | 広島 |
| 東九州龍谷 | 大分 |
| 比叡山 | 滋賀・開催地 |
補欠校（数字は順位）
| 出場校 | 都道府県 |
|---|---|
| ①三浦学苑 | 神奈川 |
| ②能代 | 秋田 |
参 考
期 日：令和7年9月29日(月)から10月2日(木)まで4日間
（準決勝翌日の休養日含む）
場 所：甲賀市 甲賀市民スタジアム
高島市 今津総合運動公園今津スタジアム